Jérémy sait désormais que ce que cherche à voler XANA dans la mémoire d’Aelita est : les clés de Lyoko ! Cela lui servirait à s’évader du supercalculateur et prendre le contrôle du monde !
A la cantine, Aelita était parti avant sans attendre nos héros pour déjeuner. Jérémy lui annonce une bonne nouvelle : il fait fausse route depuis le début, il croyait que XANA avait transmis un virus à Aelita, donc il cherchait l’antivirus mais grâce au journal de Franz Hopper, il a compris ce qu’il y avait ! XANA n’a rien transmis à Aelita, il lui a juste volé quelque chose ! C’est un fragment, une partie d’elle qu’il a repéré sur le 5e territoire. Ils décident d’aller chercher cela le soir même mais Aelita s’y oppose et s’en va de la cantine.
Jérémy la rejoint dehors et lui demande ce qu’il ne va pas, elle refuse de remettre les pieds sur Lyoko car son père lui a « voler sa vie en jouant les apprentis-sorciers et les savant » et elle pense que par sa faute, elle n’est plus rien n’y personne ! Jérémy lui dit que cela est du passé, qu’ils vont récupérer la partie volé d’elle et qu’ils éteindront le supercalculateur ! Aelita pense qu’il y aura un problème. Si XANA parvient à s’emparer de sa mémoire et de s’emparer des clés de Lyoko …
Dans la cours de récréation, Jim annonce rappelle les règles lors du bal de fin d’année, qu’elles étaient beaucoup plus sévère… Odd n’a toujours pas de cavalière mais il dit qu’il sait y faire avec les filles… Il demande à une fille de l’accompagner et elle lui répond : « Je croyais t’avoir dit de ne plus m’adresser la parole ! ». Ulrich demande à Yumi avec qui elle irait, mais William arrive, prend Yumi par le bras pour lui parler. Ulrich pense tout de suite qu’elle va y aller avec William ! Sissi arrive et lui propose de l’accompagner, il accepte. Odd est déçus, car lui préfère être un gros naze tout seul qu’un gros naze mal accompagné. Yumi refuse l’invitation de William et espère pouvoir y aller avec Ulrich …
A l’usine, Aelita arrive dans la salle du supercalculateur, s’y approche, et l’éteint ! Elle s’évanouie ! Jérémy demande où est Aelita mais personne ne sait où elle est. Son téléphone portable ne répond pas ainsi que le supercalculateur. Ils pensent à un bug. Jérémy fonce à l’usine et demande aux autres de le couvrir pour les professeurs … Yumi arrive et demande à Odd s’il a trouvé une cavalière, il répond que ce n’est pas le cas. Sissi revient à nouveau et offre un cadeau à Ulrich… Yumi comprend qu’il va à la fête avec elle et Ulrich répond qu’elle y va bien avec William. Yumi rétorque qu’il ne comprenait rien à rien … Ulrich menace Odd que s’il sortait un proverbe ou une vanne bidon, il était mort. Mais Odd lui sort tout de même : « Ulrich perd la tête, ferait mieux de rester sous sa couette » et encore : « Ulrich qui sort avec Sissi, on dit au revoir Yumi ». Ulrich essai de l’échapper mais Odd le suit …
A l’usine, Jérémy voit l’ordinateur de contrôle éteint et ne trouve pas cela normal… Il descend à la salle du supercalculateur, il voit Aelita par terre et le supercalculateur éteint. Aussitôt, il le rallume et prend Aelita dans ses bras. Il lui dit qu’elle était dingue et le motif pour lequel elle l’a éteint. Elle répond que c’était pour sauver la terre, le sauver lui et les autres. Jérémy répond qu’ils sauveront la terre ensemble et qu’elle aura toute la vie devant elle, sa nouvelle vie.
Dans la chambre d’Ulrich et Odd, Odd dit a Ulrich de se préparer, que sa « petite copine » va l’attendre … Ulrich lui dit de le lâcher et il s’en va en disant qu’il allait peut être croisé un cœur solitaire… Ulrich ouvre le cadeau de Sissi et sort de sa chambre. Le cadeau de Sissi était une espèce de triangle avec des photos d’elle dessus … Ulrich va chez Yumi et c’est Hiroki qui ouvre la porte, Ulrich demande si Yumi était là et Hiroki dit : « Yumiiiiii, ton amoureux est là ! » Yumi demande ce qu’il faisait là et pourquoi il n’était pas au bal avec Sissi. Il répond qu’il n’aime pas danser et qu’avec Sissi … Yumi demande pourquoi était-il venu et il répond qu’il avait un truc à lui dire. Son téléphone sonne, c’est Jérémy qui demande s’il est au bal, Ulrich répondit qu’il ne voulait pas y aller. Jérémy dit que ça tombe bien, qu’il le rejoignait à l’usine avec Odd et Yumi pour partir en mission.
Au collège, Sissi demande à Odd s’il avait vu Ulrich et répond que non, qu’il avait promis de l’emmener au bal. Odd est toujours à la recherche d’une cavalière et demande à une fille ou son prénom est Carla. Quand elle sait que c’est Odd Della Robbia, elle prend comme prétexte qu’elle avait déjà un cavalier pour ne pas aller avec lui … Le téléphone d’Odd sonne, c’est Ulrich qui lui demande s’il était au bal, il répond que il y était presque et Ulrich lui demande de rejoindre l’usine pour plonger sur Lyoko.
A l’usine, Jérémy dit qu’ils vont récupérer le fragment manquant à Aelita et en finir avec XANA pour de bon. Ils foncent à la salle des scanners. Transfert, scanner, virtualisation, ils arrivent sur le territoire banquise. Il envoi leurs véhicules et s’en vont à l’extrémité du territoire. Ils vont sur le 5e territoire. Arrivé à l’extrémité, Jérémy entre le code Scipio et le transporteur arrive.
Arrivé sur le 5e territoire, Jérémy entre les coordonnées où se trouve le fragment d’Aelita. Trois minutes pour trouver la clé et arrêter le compte à rebours. Yumi l’a repérée mais des Rampants vont présents dans la salle… Les Rampants commencent à attaquer et nos héros en détruisent beaucoup. Yumi va s’occuper d’appuyer sur la clé. Après quelques acrobaties, elle y parvient mais juste au dessus, il y a un Rampant qui la protège… Elle enfonce la clé avec son pied et prend le Rampant et le balance vers le sol. Au milieu du terrain se creuse un trouve avec des escaliers. Nos héros descendent jusqu’en bas et voit le fragment au loin. Une horde de Rampants arrivent, nos héros les détruisent pendant qu’Aelita va chercher le fragment, mais il arrive de plus en plus de Rampants, Odd, Yumi et Ulrich veulent fuir les Rampants mais Odd reste pour les occupé et est dévirtualisé. Entre la plate-forme et le fragment, il y avait un trou, Yumi, Ulrich et Aelita sautent. Aelita parvient sur l’autre plate-forme, Ulrich est accroché à celle-ci, Yumi est touchée par un Rampant et est dévirtualisée. Aelita aide Ulrich à remonter et Aelita se dirige vers le fragment. Arrivés dans la salle des scanner, Yumi et Odd s’évanouissent. Sur le 5e territoire, les choses vont mal : toute la plate-forme s’écroule ! Ulrich et Aelita tombent mais sont rattrapés par des Mantas qui les conduisent vers le fragment. Les Mantas sont dirigées par Franz Hopper ! Arrivé devant le fragment, il éclate en morceaux, c’était un piège ! Tout le territoire s’écroule sauf la plate-forme ou se tenait Aelita, Ulrich est dévirtualisé en étant écrasé par deux plate-forme. Aelita se retrouve seule et la méduse arrive ! La méduse prend Aelita et lui vole sa mémoire. Le compteur arrive à zéro sur l’ordinateur de Jérémy ! La méduse lâche Aelita : elle est morte ! Lyoko commence à mourir, on sort du 5e territoire. On voit que toutes les tours de chaque territoire s’activent. XANA a réussi son coup : il a volé les clés de Lyoko ! Il va pouvoir s’évader du supercalculateur ! On voit ensuite une énorme ombre sortir de l’usine avec un orage qui se déclenche !
De retour au 5e territoire, on voit Aelita morte. Ensuite, nous voyons tous ses souvenirs d’enfance : quand ses parents lui offre Monsieur Pük, quand son père joue du piano… Aelita était toute petite ! Ensuite, on voit Aelita rentrer chez elle, à l’Ermitage à vélo. Elle revenait probablement de l’école. Elle va voir son père, qui jouait encore du piano et s’en va dans sa chambre. Soudain, elle voit des hommes en noirs qui lui disent de sortir de là. Elle va voir son père et ils essaient de s’échapper ! Ils prennent les égouts direction l’usine. Arrivé à l’usine, Aelita demande à son père où ils sont. Franz Hopper répond qu’ils étaient dans son laboratoire. Hopper prépare la virtualisation automatique et vont à la salle des scanners pour être virtualisés et pouvoir être à l’abri lui et elle pour toujours. C’est là que ce souvenir s’achève.
On voit ensuite les yeux d’Aelita s’ouvrir sur le 5e territoire, elle est entourée de blanc ! C’est Franz Hopper ! Il est entrain de faire revivre Lyoko et prend possession de toutes les tours activées par XANA ! On voit le compteur de mémoire d’Aelita se remettre à son état initial ! Franz Hopper est entrain de sauver sa fille ! Aelita se réveille et nos héros foncent à la salle des scanners, Aelita apparait et elle s’évanouie. Jérémy la prend dans ses bras, elle est sauvée !
Dans la chambre de Jérémy, l’ambiance est au plus bas … Aelita dit que son père s’est sacrifié pour la sauver et qu’ils ne savent même pas s’il est encore sur Lyoko. Jérémy dit que tous les souvenirs qu’elle avait sur Terre, c’était ça le fragment que XANA lui avait volé et qui la liait à lui. Mais grâce à Franz Hopper, elle a enfin pu tous récupérer ! Elle est libre, mais XANA aussi. Ils ne peuvent pas l’éradiquer en éteignant le supercalculateur. Mais Jérémy dit qu’ils feront comme toujours : le combattre même s’il est devenu plus puissant et dit qu’il n’est pas invincible et qu’ils trouveront le moyen de s’en débarrasser pour de bon. Yumi dit qu’ils feront tout pour retrouver son père. Aelita répond qu’ils ont raisons, que la lutte doit continuer et qu’après tout, combattre XANA est sa mission. Jérémy rétorque que c’était leur mission. Ils se prennent tous par la main et sourient.